はじめまして。
確定申告において控除は出来ません。
理由① そもそも所得税の計算上、住民税は控除されません。
理由② 「みなし住民税」というのは俗称で、おそらく会社内における国内勤務と国外勤務の税的な格差を「会社内で」是正するための給与の調整計算のことと思います。
国や自治体が税金として徴収しているものとは性格が違うはずなので、その点を勤務先にご確認ください。
理由③ 上記の理由②の通りであれば、みなし住民税は控除された後の金額で源泉徴収票等が発行されているため、税金の計算上はすでに控除されて計算しているはずです。
上記理由②③については勤務先しか把握していないはずなので、一度勤務先にご確認ください。
あくまで勤務先の規定に基づいているものであって、国や自治体の法律に基づいたものではないと思われるため、確定申告で控除することは出来ないはずです。