>文化庁AFFへ申請を考えていまして
→ AFF2_youkou.pdf (bunka.go.jp)
上記リンクのことでしょうか?
リンク先の説明だと過去に活動実績のある団体を対象にしているようですが、そうすると収益事業を開始するから届出をするのではなく、いままで届け出をせずに収益事業を行っていたということでしょうか?
>収益事業開始届出 を提出後、法人税の申告、事業の中で発生する源泉徴収、消費税等をどのようにすればよいかがいまいち分からなくあります。
→ 基本的には法人を設立して申告するのと同じ作業が必要になります。
要は会社を運営するのと同等(特殊な団体になるので、通常の会社運営よりハードルは高いです)の作業が必要です。
事業年度ごとの決算書の作成、人件費の支払をするのであれば給与支払事務所の開設届出、源泉所得税の徴収と納付、といった手続きをする必要があります。
※上記の要綱からすると組合員名簿の作成であったり、他にも作成する書類が多々あるかと思います。
作成の元になる領収書、契約書、請求書、資金の流れの確認と言った作業が必要になるので、ネットの相談だけで解決するのは難しいかと思います。