ご質問者さまの配偶者控除は、ご質問者さまの所得が900万円以下・奥さまの所得が95万円以下であれば、配偶者控除38万円と同額の配偶者特別控除38万円を受けれますので、控除金額は変わることはございません。
奥さまの確定申告ですが、確定申告は所得税ですので、住民税を除いた税金の計算となります。
特定口座の明細を見ていただくと、株の譲渡益84万円・配当5万円の所得税は136000円くらいでしょうか?その場合は78000円くらい還付されるかと思います。
16歳未満の扶養親族は、平成22年からは所得税・住民税ともに扶養控除はできません。
宜しくお願いいたします。