>1、今回の場合は源泉徴収ができてなかったため、令和3年3月に個人で確定申告（月30万年間360万の所得）をして各種税金の納付。
→ 結果的にそうするしかないのですが、源泉徴収が出来ていなかったことが帳消しになるという意味ではないので誤解しないでください。
＞2、令和3年4月に給与支払事務所の設置届出を提出。4月の役員報酬から源泉徴収をし会社側から税金の納付。
→ 給与支払事務所の届出は給与支払い開始前に出すものなので、今年の4月の提出で問題無いかどうかは何とも言えないです。
源泉徴収はそもそもしなければならないので１月から（厳密には給与支払い開始月からずっとですが）必要です。
3、源泉徴収は所得、社会保険、住民税など徴収して会社側で納付。個人で3月に申告するのは、年末調整なので年間で徴収された税金の調整を行う。（税金が戻ってくる可能性もあり）
→ 年末調整は３月ではなく、１２月末又は１月頭に行います。
２～３月に行うのは確定申告であって年末調整ではないです。
ちなみに納付特例を受けている場合、１～６月分の源泉を７月に納付し、７～１２月分の源泉を１月に納付します。
また、１～１２月に支払った報酬と源泉の内容を翌年１月末までに給与支払報告書の形で自治体に、法定調書の形で税務署に申告します。