はじめまして。
① そのほかの納税項目はどうなるのでしょうか？
とりあえず所得税に関しては、国内源泉所得については非居住者であっても確定申告が必要です。
② また源泉徴収の原本の受け取りはどうなるのでしょう？
一般的には、出国時(非居住者となるタイミング)に自治体に対して納税管理人の届け出をします。
日本国内の取引先も取引の関係上、源泉徴収票等の税務関係書類の送付先として納税管理人について聞いてくることが一般的と思います。
なので、受け取りは納税管理人になります。
中身の確認の問題については、クライアントと質問者さんであったり、納税管理人と質問者さんとの間で解決することになると思います。
データを送ってもらうというのも解決方法の一つと思います。
③今月に還付申告を行う予定ですが、書類が揃っており、入力済みの場合オンラインでどのくらいの時間がかかるでしょうか？
一般的に還付金の申告書受領から実際の還付金交付までの期間の目安が2ヶ月とされています。
オンライン(E-TAX)の場合は書面提出よりも処理が速いとされていますが、税務署の混雑具合によるというのが正直なところです。
④ 補足
質問内容でいくつか気になった点があるのでお伝えいたします。
「住民票を抜いて、海外に半年ツーリストビザで滞在します。」
→ 通常、非居住者となるのは1年以上海外にいることが確実な場合です。
「とりあえず半年のビザを取得し、その後再びビザを取得することが最初から確実」ということであれば非居住者に該当するかと思いますが、半年しか滞在しない前提であれば非居住者とは言えない可能性があります。
また、住民票の所在は居住判定の要素の一つではありますが、住民票だけで居住を判定はしません。
「現在マイナンバーの手配中で」
→マイナンバーは国内に住民票がある個人が対象です。
住民票を抜いたのであれば返納しているはずですし、非居住者になった後に申告をする申告書にはマイナンバーの記載は必要ありません。
よろしくお願いいたします。