はじめまして。
①「主人が自分の農家手伝い分の収入と私のパートの収入を、私がパートを掛け持ちしていることにして勤め先に話した方が良いのでは？と言うのですが」
ということは、ご主人は「多少税金を払ってもいいので回避したいと考える何か」があるのだと思います。
その問題が解決できれば、ご主人からこのような話は出ないのではないでしょうか？
聞いてみることをお勧めします。
②「私がパートを掛け持ちしていることにして勤め先に話した方が良いのでは？」
事実と異なることを仮装していますので、お勧めできません。
支払元の農家にも迷惑がかかる可能性があり(農家の方は承諾済みなのかもしれませんが)、安易に判断出来ない内容と思います。
③「主人が手伝いをしている農家で、年末調整か確定申告はしてくれているようです。」
2か所で働いている状態で、主たる勤務先は農家と別にあるとすると、農家で年末調整は出来ないはずです。
また、確定申告を本人以外で手続きが出来るのは税理士だけです。
農家の顧問税理士さんがまとめて対応している可能性はありますが、そうでないのであれば何か勘違いが起きている可能性あります。
④何か良い解決策
仮に、農家の顧問税理士さんが対応しているのであれば、今まで通りでも特に問題無いと思われます。
奥様が社会保険の加入が必要になると、支出が増えることはおっしゃる通りなので、事実をありのままに手続きするのが解決策なのではないかと考えます。
お役に立てたかわかりませんが、よろしくお願いいたします。