お世話になります。早速質問に回答させていただきます。不動産に関する税については、さまざまなものがあります。居住用かセカンドハウスの違いで下記の税金が変わります。居住用の方が有利です。
（不動産取得に関する税金）
・印紙税：差異なし
・登録免許税：移転登記が一定の住宅用家屋だと安くなります。セカンドハウスだとこの軽減税率が使えません。
不動産の価額×20/1000 →住宅用家屋 3/1000
・不動産取得税：差異なし セカンドハウスでも軽減特例を受けられます。
・住宅ローン控除：セカンドハウスでは、主とした住居ではないので、受けられません。
・贈与税の配偶者控除：セカンドハウスでは、受けられません。
（不動産保有に関する税金）
固定資産税、都市計画税：差異なし
（不動産を譲渡した場合の税金）
セカンドハウスでは下記の税の特例がすべて受けられなくなります。
・居住用財産を譲渡した場合の3000万円の特別控除
・十年超所有軽減税率の特例
・特定居住用財産の買換え特例
・居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の損益通算及び繰越控除
・特定居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除
まとめると取得時点で払う税金が変わるのは、登録免許税程度しか差がありませんが、将来売却して利益が出たときに多くの税の特例が受けられなくなります。登録免許税の軽減税率については、下記の要件も必要ですので、もしその物件がその要件を満たしていなければ居住用であろうとセカンドハウスであろうと軽減税率が受けられず、税額に差がないことになります。
住宅に係る登録免許税の軽減措置
（1）個人の住宅の用に供される床面積50㎡以上の家屋
（2）中古住宅の場合は、築後25年以内（木造は20年以内）のもの又は一定の耐震基準に適合するもの
以上 ご参考になれば幸いです。宜しくお願いいたします。