税・ファイナンス
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通常は1月に自治体に提出する給与支払報告書に「普通徴収選択」と記載しない限りは特別徴収になります。
5月に会社宛てに特別徴収額の通知が来ていれば、特別徴収の手続きは完了しているので、会社側で住民税の納付をしつつ、従業員の給与から住民税相当額を徴収すれば良いです。
突然給与明細に住民税が記載されると驚くと思うので、給与明細に追加されたことと、住民税は特別徴収が原則であることぐらいは伝えておいた方が良いとは思います。
1月入社ということは昨年分の給与支払報告書を御社で提出していないはずなので、そのせいだと思います。
自治体によりますが、電話連絡で切り替えてくれるところもあるようなので、一度自治体に確認いただいた方が良いと思います。
何もしない場合は本人の自宅に住民税の通知が来て、本人が納付することになります。
特に推奨することは無いです。
来年以降の特別徴収で良いと思います。
あとは本人次第と思います。
普通徴収の場合の住民税は納期が４回に分かれますが、特別徴収の方が分割回数が多いので、一回当たりの納付額は小さくなります。（※全体は同じです）
なので、本人がお金に困っているような状態だと、「普通徴収だと納付が間に合わない」と言う可能性はあります。
どちらが良いか本人に聞いて決めてしまえば良いかと思います。
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