はじめまして。
① 税目について
「相続税」でしょうか？相続税は相続により財産を取得しない限り発生しません。
一般的には、父母・祖父母が死亡して、財産を取得した場合です。
ご質問の内容だと、「相続税」ではなく「贈与税」ではないでしょうか？
② 税務署の指摘について
おそらくですが、「頭金８００万円は息子さんに対する贈与」という認定をしているのだと思います。
その認定をするためには、「息子さんへ質問者さんがお金をあげた」という事実が必要です。
税務署からの質問について対応しているのは息子さんでしょうか？
息子さんが税務署に対して、「頭金を父親からもらった」と言ったのであれば、おそらく贈与税の申告と納税が漏れているという話になります。
③ どうすればいいか？
贈与が事実であれば、税務署の指摘の通りなのでどうもできません。
ただし、贈与契約書があるわけでも無いのであれば、資金の異動を贈与と断定することは非常に難しいです。
「800万円は貸したのであって、あげたわけではない」ということであれば、贈与税の認定にはなりません。
どうにか納税を避けたいというのであれば、そのように主張する以外ありません。（本当にあげたものであればどうにもならないです）
息子さんとの間で金銭消費貸借契約書を作成し、「これは貸したお金です、～までに返してもらう予定です」と説明することになると思います。
後は、「錯誤による登記の誤り」という話もありますが、時間的余裕が無いと思います。
６年前だとすると除斥期間ギリギリなので、税務署が有無を言わさず決定してくる可能性があります。
難しい話にはなると思います。