ご心配のことと思います。
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発熱・頭痛が持続していてコロナPCRは2回陰性で、インフルエンザも陰性ということですね。
そうであれば新型コロナウイルス・インフルエンザは否定的と考えます。
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発熱・頭痛とのことですが、鼻汁がでたりしますか?出るようなら副鼻腔炎(蓄膿症)などの可能性もあると思います。
鼻汁などはなく、発熱・頭痛が酷く、吐き気などを伴う際は髄膜炎などの可能性もあると思います。
鼻汁も伴い副鼻腔炎が疑われるようなら耳鼻科、そうでなければ脳神経内科を受診して診察を受けていただくのがいいと思います。
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以上一般的な対応について書かせていただきましたが、そのほかご質問点・疑問点などがありましたら、ご連絡いただければ幸いです