総合診療医のKKと申します。
診察できないインターネット遠隔医療相談では診断はできません。
しかしご記載を拝読する限り、月経との関係はわかりかねますが、痛みの部位や性状からは、後頭神経痛(大後頭神経痛)を疑います。
頸椎の歪みや、首・肩の筋肉の凝りによって頭部に伸びる神経が圧迫されて生じる神経痛性の頭痛です。
【後頭神経痛】
http://www.saiseikai.or.jp/medical/disease/occipital_neuralgia/
http://mainichi.jp/premier/health/articles/20150604/med/00m/010/001000c
https://medley.life/diseases/54f4696d6ef458803685cd9d/
頭痛としては特殊な部類に属しますので、専門医でなければ対処は困難です。
以下のサイトから、日本頭痛学会認定の頭痛専門医を検索できますので、専門医が勤務している、通いやすい場所の医療機関を探していただければ、お困りの症状についてレベルの高い診療を受けられる可能性が高いと考えます。
【日本頭痛学会認定の頭痛専門医】
http://www.jhsnet.org/ippan_senmoni_ichiran.html
治療方法としては、神経痛に効く薬物療法や、神経ブロック注射などがあります。