ご質問いただき、ありがとうございます。
建物が境界を超えて隣地に侵入している場合は、越境建物の所有者が不法に隣地を占有していることになるため、隣地所有者は越境建物の所有者に越境している部分の撤去を求めることができます。
これが隣地所有者の所有権に基づく妨害排除請求権です。
建物の一部の越境部分を撤去することによって他の部分が倒壊したり、残存部分だけでは建物として機能しない場合は、建物全部の撤去をも請求できます。
例えば、建物の庇部分が隣地に越境している場合は庇部分のカットをすれば大丈夫ですが、境界をまたいで建物が建っていた場合は建物全部の取り壊しを求められる可能性があるのです。
また建築基準法のセットバックにも違反しているということにもなりますので、苦情を言われている以上、庇をひっこめるなどの対処が必要と考えます。
工事会社から設計上越境になるとの指摘が無かったとして、増築に関することですから、工事会社か土地境界を知ることなく工事を行った可能性はあります。