初めまして、ジャストアンサーの法律専門家Loweです。こちらのサイトは一問一答制になっておりまして、今回のご質問の担当をさせていただきます。よろしくお願いいたします。
(電話対応表示は自動的に出てきますが、不要でしたら無視していただいて結構です。)
尚、回答については順に対応していますので、少々お時間がかかることがありますが、ご了承ください。
未登記の建物であることと、賃料の滞納者に対して催告状を送ることは別問題ですから、問題ありません。また、契約書については、当事者の合意がされていることが重要なわけで、誰が作成しているかは問題ではありません。