初めまして、行政書士のito-gyoseiと申します。
ご質問内容、拝見させて頂きました。
私の分かる範囲でお答えさせて頂ければと存じます。
スペアキーがなかったとしてもドアが開けられない、エンジンがかからないなどの運転上の影響があるわけではなく、また、車の状態に直接関わることではないので、販売の際に説明する義務のようなものはないとされています。
ですが、購入する側にしてみればマスターキーとスペアキーが揃っているのが普通であり、もしスペアキーが無ければその旨、説明するであろうと思うのが当然のことかと存じます。
自動車公正取引協議会、曰く、鍵が一つしかないことを言わなかった販売店にもある程度の落ち度はあると解するとの話を聞きます。
因みに、もし個人が、スペアキーが無い状態で車を売却する際には、JAAI（日本自動車査定協会）の基準に則って減額されるケースが多く見られ、中古車の査定基準だと20点の減点となるそうです。
この減点数は、一般的な乗用車やワゴンなどいずれにも対応するものといえ、1点に相当する金額は1,000円とされています。
ただ、キーレスシステムを搭載している場合に減額幅が大きくなる可能性がり、鍵穴に差し込んで施錠・開錠する動作が必要なく、遠隔操作が可能なスマートキーやイモビライザー付きのキーの場合、通常のスペアキーよりも作成コストが高い傾向にあるため、一般的な基準を上回る2万円以上のマイナス査定となる可能性もあります。
以上の点を踏まえ、まず最初は、スペアキーが無かったことを契約時に説明しなかったのだからと費用の全額負担を要求、それに応じなければ、一部負担を販売店を交渉をなさってみてはいかがでしょうか。