初めまして、行政書士のito-gyoseiと申します。
ご質問内容、拝見させて頂きました。
私の分かる範囲でお答えさせて頂ければと存じます。
確かに、国家公務員法第96条及び地方公務員法第30条では、公務員の服務の原則として「すべて職員は、国民全体の奉仕者として、公共の利益のために勤務し、且つ、職務の遂行に当っては、全力を挙げてこれに専念しなければならない」と規定されており、「その勤務時間及び職務上の注意力のすべてをその職責遂行のために用い、政府がなすべき責を有する職務にのみ従事しなければならない」とされていますが、ご相談者様の場合はシステムトレード。
勤務時間内にこっそりスマホでトレードを行うのと違い、なんら職務に影響を及ぼさず、例えて言うなら、
「勤務時間中に、宝くじの抽選が行われていた」
のと同じ。
職務専念義務違反には該当しないと思量致します。