初めまして、行政書士のＳＵＰＥＲＴＯＮＴＯＮでございます。それは大変お悩みのことと思います。ご心痛お察し申し上げます。お話から、ご不明の部分もございますが、分かる範囲でご回答致します。基本的に、集金を盗まれた状況がわかりませんが、場合によっては、ご主人様が紛失してしまったケースも考えれれます。そのため、警察に被害届を出せなかったのかもしれません。本来であれば、窃盗の被害があれば、金額にもよりますが、被害届を出して雑損扱いにすれば、会社にもそれほど影響はありません。もし、紛失ではなく、窃盗なら、今からでも窃盗罪で被害届を出すことです。そうすれば、社長が、横領で訴えると言うことは、虚偽告訴罪になります。いずれも懲役刑しか無く重たい罪です。仮に業務上横領罪で、刑事告訴された場合でも、今回は、理由がありますし、返金もされて示談は出来ていると言うことで、不起訴処分になる可能性は高いでしょう。また、脅迫罪もありますが、社員の新しい就職先の邪魔をするなら、労働関係の問題にも成りますので、労働基準監督署にご相談するのも手です。また、社長に対して、内容証明でこれ以上嫌がらせをするなら名誉棄損罪や虚偽告訴罪で訴えると主張されても良いでしょう。内容証明の作成は、民事法務専門の行政書士や弁護士の先生にご依頼されると、相手に本気度が伝わり、なめられずに済むでしょう。