ご返信ありがとうございます。
前提となる事情を把握できました。
玄関が同じである以上，義理の妹の母親が玄関を開けて２階に来ること自体は問題がないでしょう。
現在２階に住んでいる義理の妹の承諾の下，２階に来ているといえるからです。
しかし，１階については，義理の妹の管理権が及びません。
生計を別にする質問者様と父親が生活しているからです。
住居侵入罪が成立するかどうかですか，現時点では完全に成立するとはいえないと思います。
なぜなら，質問者様が「１階には立ち入るな」と明確に述べていない以上，鍵が同じ家の中であることから，黙示の同意があると思われる可能性があるからです。
そのため，まずは質問者様らが義理の妹の母親に対し「１階に立ち入るな」ということを明確に伝える必要があります。
そのように伝えた上で，それでも１階に立ち入ることがあれば，それは住居侵入罪が成立すると言える可能性が高くなると考えます。
ご参考になれば幸いです。
よろしくお願いいたします。