類似ソフトの開発に携わる委員会の先生方は昔から貴社のソフトを購入しており、貴社のソフトを参考にしているであろうことが予想されるのに、逆のことは拒否されるというのは不公平に感じるのも無理は無いと思います。
しかし、公益社団法人といっても公益を目的とする事業を行うという認定を受けただけの民間団体ですし、収益事業を行うことも認められています。
したがって貴社と相手公益社団法人との問題はあくまでも民対民の話になり、そこでは契約の相手方を自由に選択することができるという内容も含めた「契約自由の原則」が妥当しますので、競合するという理由で販売や講習会への参加を断ることも違法と言うことはできないでしょう。
もし相手と争うとすれば、類似ソフトに著作権法違反・不正競争防止法違反が無いかという観点から再度チェックしてみるとか、貴社ソフトの購入者が類似ソフトの開発に携わることが貴社ソフトウェアの利用許諾契約違反にあたらないかという観点から、相手に違法な点がないか検討してみてはいかがでしょうか。