二年前父が行方不明になりました。自殺の危険もあります。捜索願を出しました。依然手がかりはありません。最近伊豆大島沖で

司法書士です。よろしくお願いします。

質問者様もご存知と思いますが、
「不在者の生死が不明になってから7年間が満了したときに死亡したものとみなされ，不在者（失踪者）についての相続が開始されます」

参考（失踪宣告）：http://www.courts.go.jp/sa iban/syurui_kazi/kazi_06_06/index.html

失踪宣告がされた場合、「７年間が満了したときに死亡したものとみなされ」とあるので、失踪した時から７年後の時点での父親の財産が相続の対象となります。ですから、その時点までの年金は相続財産として相続人である質問者様に受け取る権利があります。

ただし、父親に借金があるということですので、その借金も相続することになります。借金は相続しないで年金だけ相続したい、ということはできません。
借金を相続したくないなら、「相続放棄」をしなければなりませんが、その場合は年金も相続できません。
借金がいくらあるか分からない場合は「限定承認」するといいでしょう。借金より年金の額が上回れば借金を精算した残りの金額を相続できますし、借金の額が年金の額を上回っても、債務を相続する事がありません。とても便利な制度です。

参考（限定承認）：http://www.courts.go.jp/saiban/syurui_kazi/kazi_06_14/index.html

とりあえず、質問者様にできることは父親が無事である事を願うしかありません。残りの５年を過ぎてしまったのであれば上記の手続きをしていくことになるでしょう。