ご相談ありがとうございます。労働分野専門の社会保険労務士です。
それでは回答させていただきます。
＞業務命令違反により慣例として即日退職していただいている
このようなことは当然認められません。
貴方が退職することに対しての嫌がらせ、もしくは有給休暇を消化させないで退職させようと仕向けているのでしょう。
貴方が希望する退職日を記載した退職届を提出してください。
そして、退職届と同時に退職日までの有給休暇を請求してください。
有給休暇は労働基準法第39条に定められた労働者の権利です。
会社は事業の正常な運営を妨げる場合には労働者から請求された有給休暇の時季を変更できる権利（これを時季変更権といいます）を有していますが、貴方のように退職する労働者から請求された場合にはこの時季変更権を行使することはできません。
それでも、9月5日（水）退社を主張してくるのであれば、「解雇ということですか？」と聞いてください。
労働者からの退職は労働者が退職日を決めて退職することができます。
それを繰り上げて退職させてくるのであれば解雇に該当すると考えられます。
解雇と言うのであれば、解雇理由証明書を請求し、また解雇予告手当も請求して下さい。
労働基準法第22条により、解雇を言い渡された労働者が解雇理由証明書を請求した場合には使用者はこれを拒むことはできません。
これにより、後から会社が都合がいいように解雇を撤回したり、解雇理由を変更したりすることを防止できます。
ご相談内容を前提にするとこのような理由での解雇は解雇権の濫用であり、不当解雇として訴えていくことも可能です。
また、労働基準法第20条により、使用者は労働者を解雇しようとする場合においては、少なくとも30日前に予告をするか、30日分以上の平均賃金（解雇予告手当）を支払わなければならないと定められています。
５日退職であれば解雇予告手当が請求できます。
おそらく、「解雇ということですか？」と聞くと「解雇ではない」と言う可能性が高いと思いますので、そうであれば先に述べさせていただいたように貴方が希望する退職日で退職（退職日までは有給休暇を消化）すればよいのです。
それでも、会社が一方的な対応に出るのであれば、労働基準監督署に申告するしかありません。
労働基準監督署に申告することで会社に対し、指導・是正勧告がなされます。