こんにちは 初めて相談します。 私は、契約社員として働いている現在育児休暇取得中です。育児休業が会社で申請されて

こんにちは
初めて相談します。
私は、契約社員として働いている現在育児休暇取得中です。育児休業が会 社で申請されているのは今月末までなのですが、今年の四月に入り、その日をもって退職するよう会社には言われました。育児休業取得前には復帰の希望をかいた面接シートのような物も提出しましたが、前年12月から本格的に会社には業績次第でやめてもらうかもしれない
とは言われていました。
結果としては5月31日付けで退職となり、退職清算
の通知という物が6月9日の今日届きました。
そこに書かれていたのは、5月は育児休暇での欠勤だったが、来月分の給与がないため翌月清算でき
ず、その分マイナスが発生する、とのことです。なので、基本給まるまる一ヶ月分を払ってください、というものでした。また、会社は育児休暇で休んでいるのと、6月1日に契約更新があるのを合わせて契約満了で辞職となります。と、説明。私としては
働く意欲もあった中、会社からの業績が～との理由をそのまま信じていたので、会社都合での退職になると思っていたのですが、結果一年ごとの契約だ
からという理由も納得いきませんでした。
この様な前提の中で今回相談したいのは、会社が要求してきた欠勤についてです。
会社側は育児休暇中の欠勤については、有給が使えないため、今まで残っている有給は退職の際に捨てることになる、といっていました。契約社員とし
て育休をとった場合も、有給は貰えるので、すでに三年分で、30日はのこっているはずです。そのうち、10日は年を追うごとに消滅していくようなかんじだったと思うのですが、それでも20日以上は残っていると思います。
なので、今月末で退職が決まっていたのであれば、5月の内に復帰した形で休みは有給を当ててもらえばマイナスはなかったんじゃないのかな？と思えて仕方がないのですが、どうなのでしょうか？
よくわからないので、教えてください。
また、退職の清算日は6月12日を指定されていますが、お金が用意できない場合は6月末まで支払いを
待つそうです。育児休暇と有給の関係、また会社側はこれに対し便宜を図ってくれることはないのか
どうかをしりたいです。
よろしくお願いいたします。


補足ですが、育児休暇は二番目の子供と三番目の子供を継続して取得出来るようで、三番目の子供が産まれた5月11日の2日前までの、5月9日までが、ハローワークでの給付対象になっています。