ご質問ありがとうございます。労働分野を専門としている社会保険労務士です。
それでは回答させていただきます。
まず、常時10人以上の労働者を使用する使用者は就業規則を作成し、労働基準監督署に届け出る義務があります。
（労働基準法第89条）
また、労働者に周知（いつでも見れる場所に置いて、そのような状態にしておくこと）が必要です。
但し、労働者の一人ひとりに交付する必要はありません。
また、有給休暇に関しても労働基準法に明確な定めがあります。
（労働基準法第39条）
使用者は雇い入れの日から起算して6カ月継続勤務し全労働日の8割以上出勤した労働者に対して10日の有給休暇を与える義務があります。
また、その付与日数は6カ月を超え1年6カ月までは11日、1年6カ月を超え2年6カ月までは12日、その後は1年毎に2日ずつ増えて行きます。
（１回の付与日数の限度を20日とし、その請求権の時効は2年間）
上記を下回るような定めを使用者が勝手に定めているのであれば違法となります。
労働時間に関しては労働基準法第32条に１日８時間、１週４０時間を超えて労働させることはできないと定められています。
これを法定労働時間といいます。
法定労働時間を超える労働に対して会社は労働者に割増賃金（残業手当）を支払う必要があります。
部長手当て、職務手当て、役職手当の中に残業代が含まれていることが就業規則、労動契約書で明確に定めてない限り、残業代を請求できるでしょう。
（賃金の請求権の時効は２年間となりますので法定労働時間を超えて労働していたことを証明できれば２年前に遡って請求できます）
一方、休日に関しては毎週少なくとも１日、もしくは４週間を通じ４日以上の休日を与えればよいことになっています。
年末年始や夏季休暇は法律上に定めはありませんので、会社が自由に決めることができます。
但し、例外として管理監督者であるものには残業手当や休日手当を支払う必要がないとされています。
一般的には部長、課長などが該当しますが、職務内容、責任と権限、勤務の態様に着目して判断されます。
【具体的な判断基準の例】
１、労働時間で規制するのはあわない立場の者
何時から何時まで必ず在社する必要があるというような、本人の裁量の余地がない場合は認められない。
２、重要な職務内容、責任と権限がある
肩書きだけではなく、それにふさわしい責任や権限がある。
３、賃金等の待遇面においても、基本給、役職手当などのその地位にふさわしい待遇がなされている。
少なくとも、残業代以上の役職手当がされているなど。
上記に違反しているようであれば会社に改善を求められるとよいでしょう。
改善がない、または残業代を請求しても会社が支払わないなどあれば、労働基準監督署に申告すれば会社に指導・是正勧告がなされます。
しかし、現実問題として労基署などの行政の力を借りると結果的に貴方が会社に居づらくなる可能性も否定できませんので、最終的な方法としてご検討されるとよいでしょう。