雇用・労働
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回答させて頂きます。
まずは、どのような査定でそうなるのか明確な説明を会社に
求めるのが妥当と思いますが、ご質問文の後半を読みますと
アルバイト契約社員は正社員の半分と最初から明確に決まっているのでしょうか？
それであれば会社の単純な間違いですので常識的には返還するのが
妥当といえるのではないでしょうか。
逆に、明確な根拠が無ければ返還の必要はないと思います。
返還した場合は、当然、健保・年金・雇用保険料・所得税の計算は
正しい金額で再計算となりますのでご安心下さい。
なお、急な全額返還が苦しい場合、そもそもは会社の間違いである為
質問者様の生活面の考慮を会社に求めて
分割しての返還などを提案するのも方法と思います。
その場合に、話し合いが上手くいかず強行的な対応で会社が来た場合などは
都道府県労働局に相談して助言制度（会社と従業員の話し合いをとりもつように
助言してくれる制度で指導や調査とは異なります）などを利用して
間に入ってもらうのも方法と思います。
以上、少し長くなりましたが、ご参考になれば幸いです。