９歳の雄のヨーキーです。前右足をあげ、ほとんど着地しません。左前足もまっすぐ立てず、外側に湾曲しているように見えます

こんにちは。

確かに、人と違ってワンちゃんの場合はMRIをとるのにも全身麻酔が必要になりますので、体力面や経済面である程度の負担のある検査になります。
原因をはってきりさせるには、脊髄の神経を見ないといけないので、MRIがベストですが、もし手術などを考えられてない場合は、検査はしたけれど、治療につながらないから、検査をするなら手術を前提にした方がいいと言われたのだと思 います。
検査したから手術をしなければならないということはないですが、手術しないと治らない病気もしくは手術自体も難しい病気である可能性も、十分あります。
その辺りをしっかり考えられて検査するのかどうかを決められた方がいいと思います。
ただし、今のままでは良くはなっていかないと思ういます。
抗生剤を使っていること自体はMRIや手術することのネックにはあまりならないのではないかと思います。

前足に異常がある場合は通常、頸髄の上部の方かそれより上の部分の神経あるいは末梢神経に異常があるか、関節などに異常があるかどちらかになるとは思います。
頸髄の異常は質問者さんが言ったようなことが可能性としてありますし、関節であれば、リウマチや慢性関節炎、特発性多発性関節炎などありますが、関節の病気の場合は身体検査やレントゲンである程度判断できることが多いです。
整形の先生であれば、専門家ですので、やはりその先生おっしゃっているものの可能性が強いのではないかと思います。
あとは飼い主さんがどちらを選ぶか（検査をして、必要に応じて手術をうけるか、検査をせずに経過を見守る）を選ぶことになります。
やはり、治療の可能性を考えるのであれば検査した方がいいと思います。

その後はいかがでしょうか？