はじめまして、
排便の粗相ですが、これはおそらく話を聞いている限りでは 個人的な見解として
①細菌や原虫、寄生虫感染による排便時の不快
(保護施設で駆虫しても残っていたりして下痢は無くても居ることも有ります)
②運動不足
③新しい環境でのストレス
(子供が得意でない、前の猫ちゃんの匂いがする、あまり人に慣れていないのに触られる)
④点耳の時や病院に行く時に捕まえられる。
などを疑います。対策としては
①検便をする。寄生虫などが居れば駆虫する。便にほとんど出ずに肛門に付着するような寄生虫も居ますのでゴマ粒みないなものが無いかもおしりをみて確認する。
②食餌を家のあちこちに置いて探して歩かせる。探す面白さと運動ができるのでストレス解消や運動不足解消になるでしょう。
③マタタビを与えてストレス解消させる。
おもちゃの中に餌を入れて遊ばせる。例としては
http://www.youtube.com/watch?v=182NnWBS-Bs
のようなおもちゃです。
④耳の薬の回数を減らして人になれるまであまり触らない。精神安定剤(アミトリプチリンなど)を併用するなどが良いでしょう。少しなれてくれば触らせてくれるようになる可能性はあると思います。
まだ来たばかりですし時間はかかると思いますので少し気長にやってみるしかないでしょう。
あくまで診療もしていませんので文面からの推測にしかすぎません。
ご参考までに